《鲁多拉的秘宝》较为特别之处就是他的“言灵文字”系统，玩家在一开始就可以编写强力魔法来展开冒险。创造“言灵”的选项为指令的第三项，将收集到的各种文字随意组合。另外。在战斗画面中，按 X 可以决定攻击顺序，按 Y 可以变更前后排位置，合理的布局是制胜的关键哦。给游戏人物装备武器，防具时，要针对敌人的属性：武器要与敌人属性相反；防具要与敌人属性相同。这样就要求玩家带着各种属性的道具满世界转了:)
言灵表： （---表示这两种属性相对）
イグ 火属性 --- アク 水属性
トウ 雷属性 --- テオ 风属性
ソア 阳属性 --- セレ 阴属性
ニヒ 地属性 ブラ 无属性
レフ 回复 アニムス 复活
ルス、ムル、ナ 加在词尾强化效果
エクスピアナ 可治疗“火伤、冻结、感电、浮游”等状态
エクスビア 舍己救同伴
ホ－リ－ 只消耗1MP---Holy
イアベ－キ 敌人即死
这个蔚蓝的星球在广阔的宇宙中缓缓的转动着自己的命运。天与地的交融，万物滋生又毁灭，无上的造物主冷漠的创造出生命，又无情的结束它的进程......
ダナソ神族、水栖类、八虫族类、巨人族相继活跃在历史的舞台上，两万年过去了，人类族成了地上的主人，但造物主宣布，人类的灭亡只剩下16天，一片恐怖的呼号中，四个被宝石附身的勇士踏上了拯救人类的征程......
西昂（シオン）之章
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碧绿色的杰伊多所栖息的肉体，具备的是心，「纯洁者」的心……
西大陆的クリユ－ヌ城，王国剑士西昂（シオン）和守城的卫士在城墙上闲聊，见到同队的休尔（ヒユ－イ）和罗希塔（ロスタム）押着鲁多拉教团的成员进城。事件后，被捕的教团员逃走了，接受国王的命令，西昂一行追击到巨人之塔。
巨人之塔顶，三人遭到复活的巨人袭击，西昂砍断了巨人的手臂，一颗宝石飞入了西昂的眼睛...
被达古（ダグ）救起的西昂得知教团员和两位队友都消失了，立刻与芳丝（フォワシ－）再次赶到巨人之塔，误入秘牢救了个叫天路（テュ－ル）的巨人，三人联手击败塔顶复活的石像，回到王城接受向武人之塔挑战的命令。
来到ダヌルフの町，在武人之塔接受第一场比试。之后去镇左上方乘小舟来到言灵山拜见言灵大师佐拉（ゾラ），回町通过地二场比试。
做定期船去オムバロス町，见了古怪的商人ヌ－ク后，出町北行，在デルフイ山下发现了无人驾驶的方舟，在山顶遇见世界第一神盗迪恩（テュ－ン），双方有所争执，迪恩乘机溜走了。西昂救助了拉米思（ラミレス），下山后发现方舟飞走了。
西昂回到武人之塔参加最后一战。胜利后，西昂在授奖台上被宝石的力量带上了天空。
西昂着路的地方是浮在空中的大陆之一的天空之岛ダナン宫殿，四处可打听到关于在巨人之塔复活的巨人苏奴多的情报。出来后是レンの都，在都市外又看见方舟飞走。拉米思一个人追踪而去，而西昂三人则回到レンの都找到苏奴多，双方订了协议，西昂为了回到地面只能答应了。
乘坐レンの都的空中列车，途中会有拦路的怪物。到站后穿过山洞北行。在时计塔战胜守卫者モンジユ，在第五层发现迪恩，他慌慌张张的跑了~~~~空中列车的下一站是遗迹都市，在酒吧遇见一个自称来自冥界的神秘男子。出都市南下来到宝剑グラムン－ト，并打倒守护者。乘车来到ロマの都，在フレイの遗迹打倒守护者，得知了很多关于鲁多拉的消息。但此时整个天空大陆落向地面，方舟赶来将众人救走。回到レンの都，发现这里受到了打击，去ダナン宫殿一次。然后出町南下在冰山找到了ダナソ神族のラゴウ石，在山顶打败雪山巨人，拔出了圣剑ジグムンドソ－ド，冰山融化了。西昂落入水中，掉进一个巨型水族的体内，遇到一个水栖人，说这是ヘブの体内，并告知走出迷宫的方法（刺激身边的肉柱可找到通道）。打败被誉为星球最大的生物ヨ－ギ，它送众人离开，以后可以呼唤它。
到了地上，发现是アウドルの町，町中的人都变成了厉鬼，阴气森森的。在右上放研究所中见到八虫族类的ラフウ石。出町向南到龙神遗迹，在三楼打败魔物，进去读墙上的文字。西行到港町オリアブ找到了芳丝的父亲要圣杯，但圣杯已经丢了。向左是芳丝洋馆。回到アウドルの町发现了教团员，跟踪来到研究所，缪黑（ミユンヒ）博士的尸体变成魔物摄走了芳丝的灵魂，西昂三人苦战，听到一个声音说要去找“前世隐里”。西昂回到地下水路呼出ヘグ来到另一遗迹，在迷の森向空地中的男子询问，然后向左、向上、向右、向下（从9时到6时），来到世外桃源“前世隐里”。
在村庄向长老要到药救活芳丝，听长老指点，到町南西角找到口传师，乘船去树海，来到港町オリアブ，在告示板看到牧师找西昂的事。住一宿后去オムバロスの町，也读告示，换船到グヌルフ町，右行到小教会见牧师，告别是送给西昂一把圣剑。回王城见过国王后去グヌルフ町乘舟到言灵山救助佐拉，并利用他身后的魔镜来到冥界。
之后解决教团本部的事件后在タラ－フ町了解到人类即将灭亡的日期，西昂毅然北行来到冥府。
第十六天......
沙尼多（サ－レント）之章
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漆黑色的杰伊多秘栖息的肉体，具备的是知识，「追求真理者」的知识……
年轻学者沙尼多（サ－レント）跟随缪黑（ミュンヒ）博士为了考察各地遗迹的鲁多拉神石四处奔波。这次在龙神遗迹前遇到了困难，必须要有圣杯才能继续研究。沙尼多来到エレミアの洋馆向主人索要圣杯，不巧，此时所在秘室中的圣杯被神秘人盗走了。
到港町オレアブ，在宿屋与缪黑博士交谈后又向町中的カスダキア博士借的小船前往ト－ル火山。在火山中有大片熔岩阻路，只要向前走，听到“啪”的一声即可通过。居住在火山的预言者ソロン提供了关于另一种神器--圣衣的地点，并让弟子索古（ソ－ク）加入了我们的冒险。
回港町向缪黑博士说明情况，又受托向北面树海穿行来到ホルンのほころ，发现了神秘的纹章并拿到了圣衣。盗贼迪恩登场，花言巧语的便把我们的圣衣骗走了。无奈，只能回到港町，在镇口看见一个小孩乘着奇怪的玩具冲撞过来，出于礼貌，沙尼多避开让路，但随后追来的町人却惊呼那小孩是被那玩具诱拐的。连连失利的沙尼多想缪黑诉说了圣衣被骗和镇口啼笑皆非的经过。来到町的码头去オムパロスの町，见到第一章的主角西昂三人一行。沙尼多借船来到フア－ル遗迹打倒咒术师オズヌ，救出被诱拐的孩子们，其中有一个叫ロロ的孩子来历不明且失去记忆。
沙尼多带着孩子们回到缪黑博士的研究所，天空出现了日食，在地下室的八虫类族巨石复活了并向沙尼多一人袭来......
再次清醒时沙尼多已经变成孤魂野鬼了，在一个陌生的地方遇到一个叫古卢克（クルガン）的热心人（热心鬼？？），指点他去魔导博物馆拿ジェイド宝石便可还阳。谁知这又是个圈套，汗！！沙尼多被封印在了妖刀中，而古卢克则借用沙尼多的躯壳还了阳...
屡屡被骗的沙尼多在ガビの间见到ゴモラ，得到了新的身体（有言灵师、战士两种可选），在地图上向北，在向西可乘切换点来到火山索古等人对眼前这个新的沙尼多半信半疑，但最后还是跟他去了港町オリアフ，被救的孩子ロロ加入到队伍中后去エレミアの洋馆，打倒八虫族复活的魔物后，又回到地下，从ゴモラ处借的另一身体。在魔导博物馆可遇见一神秘妇人让你帮他找她的女儿丽莎（リザ）。沙尼多找到红色传送点（一直使用）顺着 火山--废城--冰山--言灵山--神像--火山 路线可循环切换。最后在ピルシヤナ遗迹，传送消失。在遗迹外右边的谜之森（和西昂是一样）见隐里长老，原来ロロ是这里的人，又拜见ロ传师得知ラゴウ石的秘密。出来后看见空之大陆降沉下来了，众人前去，发现是空中车站，向右下方穿行可到树海，在树海桥上遇见树妖，战胜后桥断了...
回港町见カスタギア博士得到他的新发明的机器，向东行至沙漠，机器是风沙消失了，来到アヴドルの町在研究所ロロ解读了ラゴウ石上的文字。众人商议去火山，这时可出町顺左方峡谷步行入火山，发现ソロソ倒在地上，原来古卢克来过了。乘右方的房间中的传送点到废城，在废城右边的古代遗迹见到古卢克，将其打败终于夺回了自己的身体。
回废城用传送点到冰山，八虫族的鲁多拉告知要得到巨人族的ラゴウ石。在它边上有一贴告示的入口，进去后再出来就可到冰山顶得到圣剑アイスン－ド。再传送至言灵山向佐拉借小舟来到クリユ－ヌ城，索古回忆起了以前一些不愉快的事。在巨人之塔打败了巨人族的鲁多拉，从塔顶拿到了巨石样本，ロロ破译成了文字。回冰山的知必须全部拥有五块ラゴウ石，另两种在魔导博物馆和水栖族之町可以找到。回火山，穿过峡谷回到沙漠遗迹，ロロ开启ダナン扉进入宝物库，见到迪恩说服他用方舟潜入海底の町ライラ。
在长老家得知海底神殿的方位，乘方舟前往打败了水栖族的鲁多拉，迪恩与众人告辞。众人又来到地下魔导博物馆得到人间的ラゴウ石。在馆外右边的魔镜来到ガフ之间，从ゴモラ嘴中了解到事实的始末及人类最后的命运。 回到火山后，传送点封闭。
回港町向カスタギア博士打听ドオ－テ遗迹的所在，乘定期船去オムバロス町，步行北上デルフイ山，在山顶见到了缪黑博士与预言师ソロン化身的双头鸟怪。进入遗迹沙尼多向各个种族的魔兽挑战，当打倒最后一个人类的武士后他会留下剑和盾。从他身后的通路来到冥界，在地府の町タラ－ク先休整一下，在酒吧见到缪黑博士，交谈后他离去，而且还会遇到西昂等人。北上冥界入口见到ハウゼン，但战败。ハウゼン附身在沙尼多身上与魔兽合体，等待西昂的到来......
丽莎（リザ）之章
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金黄色的杰伊多所栖息的肉体，具备的是技巧，「掌握秘宝者」的技巧……
出生时额上就有宝石依附的少女丽莎（リザ）为了寻找母亲，从祖父口中知道预言书的内容，自己是人类命中注定的救世主，母亲也为同一目的而云游四海。丽莎从故乡カ－ン町出发，途经レムの森，救出反叛军首领伽来路（ガ－ライル），在这之前在回答追兵问题时回答“没看见”或“看见，在左边”可以得到一把钥匙。两人来到人工岛バベル都市，这是一个唯一空气净化的都市，但居住者必须支付高额的税金，生活苦不堪言。伽来路安排丽莎在宿屋住下，之后丽莎受约来到町东的反叛军基地，答对暗语才可进入，暗语分别是：“光の中，おどる者”、“暗の底，めばえる者”、“青こ命，まもる者”。在基地中，丽莎额上的宝石放出了光芒，人们都惊呼救世主的出现！！回到宿屋，伽来路已经在那等候了，诚心的希望丽莎出手解救人工岛。
休息一夜后，丽莎与伽来路从市长大厦右边的民屋中潜入大厦。作战计划成功后，放出了净化空气装置中的蝴蝶，继续净化整个星球。而此时丽莎身后出现了一个身影，唤她为救世主，并告戒人类灭亡的日子只剩十四天了。心急如焚的丽莎赶回故乡，祖父说去南大陆会有母亲的下落。回人工岛，丽莎与伽来路乘船来到オリアフの町，在候船室遇见了缪黑博士问起了母亲的事，他说去クリュ－ヌ城吧。
在町外穿行树海的途中救出八虫族的王子皮皮（ピピン），在北面尽头的ホルンのほこや寺庙中读“言灵经典”，之后有言灵师出现暗示去精神圣域西大陆。丽莎从从寺庙中出来又帮助皮皮去龙神遗迹打败了魔兽...
三人乘定期船直往西大陆，中途在オムバロス转船。在ダヌルフ镇上陆，故事会有两种发展：一种要上陆后出镇再进镇回出现情节；还有则是在武人之塔观看了西昂的第三次决斗，在塔中会遇到盗贼迪恩。之后是去町东的小教会，在那里观看女神像时会有牧师来作自我介绍，并让丽莎去找西のヴアドの町的ダグ帮忙。
找到ダグ后他帮助丽莎去见国王。在国王那得知母亲可能去了圣域，丽莎在王城休息一晚就上路了...在圣域门口接受士兵的盘问（先选二，再选一）进去灵城向ソ－マ打听情报，之后向南进入圣域森林，修行场中见到一个很象母亲的女性，但之后被魔物杀死了（默哀...），于是丽莎只能再回到圣域，这次必须和ソ－マ交手。然后还去圣域森林，发现了一个巨大的方舟，那么当然有遇见迪恩了，此时，双方身上的宝石产生了共鸣，迪恩驾驶方舟离去。在言灵山遇见左拉，了解到身上的宝石是通行世界末日的钥匙。在瀑布下方的房子里，丽莎可以学到威力较强的魔法。再与左拉对话时，众人落入了冥河，在亡灵等候乘上摆渡船的时候，丽莎和两个地狱使者产生了冲突，将他们打跑后强行登上了船，在行船途中救了一个水栖族的女子玛丽娜（マリ－ナ），但她见到丽莎之后就逃跑了。
继续渡河，突然四周一片寂静，还有人呼唤丽莎的名字，这是选“このまま，じっとしてる”可以避开鬼怪的攻击，当母亲的亡灵出现后可以得到宝物。落到岸边，又遇见了玛丽娜，这回她会加入，四人在ブルステイの间打败了魔兽ブルステイ，它会变成果实的种子。
回到陆地上，已经是在古代遗迹了，把圣杯放回原位出来会遇见假扮的沙尼多。出遗迹北行到污染地带将种子植入底穴，完成了大地净化的任务。
途经收容所，来到ソトムの废城碰见了真的沙尼多，告诉他可以在哪里找到他的身体。出成后，天空大陆落到了地上。向上来到ロマ町，玛丽娜遇见了自己的同类，将守神之卵投入水源，暂时与丽莎一行分开了。丽莎来到污染都市ゴモラ，启动一个开关后，可使用电梯，在地下皮皮和伽来路被吸进屏幕。这是丽莎在屏幕外可见到两人的梦境，成功解救他们之后三人合力打败了魔物ラウメ－ン，得到了宝物マザ－エナジ－。
在ソトムの废城的一间桌上有把大钥匙的屋子里，朝水坛里观察可以进入密室，在那里读到一本神秘的手记，这时五个亡灵向丽莎三人发动攻击，战后可拿到大钥匙。回到污染都市进入地下室锁着的门，在屋里按顺序“月左回，星左回。太阳右回”开动装置，出门向右的屋里有了通往深海的路。
海底ビラミッド，玛丽娜加入，在迷宫必须踏动三个踏板。来到海下ラィラの町，长老指点迷津，丽莎利用鱼类的帮助在海洋中可以自由来往于各大陆之间。这时的登陆地点有几个很难找，要仔细在地图上寻找。在一处登陆后可来到迷之森，见到长老和西昂等人，又拜见町の南的口传师，得到遗迹钥匙，回登陆点打开遗迹大门，唤醒了メイフア让丽莎去北大陆。从海底先到西大陆见左拉，到北大陆カ－ン见自己的祖父，在锭左下角坐船来到女神像岛，打败メイフア后，它带众人来到了“月”星球。
在这个先进文明造就的机械基地处处是陷阱，要点是地图两侧有两个机关，中间有一个按扭，，机关的开启与否再按按扭回到不同的地方。
生命的进程是遵循大自然的法则的，自然的法则决定了人类的衰亡，新崛起的种族正在翘首期盼。可是顽强的人类要亲手改变自己的命运。
站在メイフア面前，丽莎惊愕的了解到人类还必须战胜这个宇宙的造物主（汗！1），被选中的第四位人类勇士就将出现在女神像脚下右边的门里，他（她）会是谁？？
迪恩（テュ－ン）之章-----最终之章
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火红色的杰伊多所栖息的肉体，具备的是力量，「灭魔者」的力量……
第十六天，世界一留盗贼（说好听的叫“财宝猎人”）迪恩正在在方舟上与伙伴开怀大笑, 原来迪恩想收集齐鲁多拉秘宝的十种法器的夙愿已经得以完成。此时ミトラ显身，向这第四位勇者说明了一切。
迪恩在海底遇见了沙尼多和西昂，三人辞别伙伴飞向了“月”星球。丽莎早已等候于此，四人同心协力迎接历史的考验....
在“过去之门ウルス”，四个祖族的鲁多拉守护者和ハウゼン一一被打败。“未来之门スクルト”，进去之后一直向前走走出去，不要踏地上的通气孔，而向后走则进入死角，必须打败四个宝箱怪物才能出来，但杀死这四个家伙有增长MP的道具，建议多收集。在神殿里有拥有5000以上经验值的敌人，是练级的圣地。那里还有携带“アムリタ”（我方全体复活）的敌人，也建议收集一些。最后勇士们要战胜的造物主有三个变身，大家去努力哦 \^_^/